中國博士后科學基金會業務主管單位為人力資源和社會保障部，實行理事會領導下的秘書長負責制，秘書長為基金會執行理事長，并兼任基金會法定代表人。
中國博士后科學基金會職能包括：負責博士后科學基金的評審、資金的籌集與運作，博士后研究人員進出站手續的辦理和日常管理，“中國優秀博士后獎”的評選，博士后工作的評估，博士后工作管理人員的培訓，博士后公寓的建設與管理，協調指導全國博士后聯誼會的工作，同國內外各種基金會組織的交流和合作及開展博士后科研成果的推廣、技術咨詢和開發，編輯出版《中國博士后》雜志等。
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